Pengadilan Agama Balikpapan berdiri pada tahun 1958 dengan Ketua Pengadilan Agama yang pertama K.H. TARMIZI ABBAS. Adapun dasar hukum berdirinya Pengadilan Agama Balikpapan adalah Staatblad 1937 Nomor 116 dan 610 jo. Peraturan Pemerintah Nomor 45 tahun 1957 dengan nama PENGADILAN AGAMA / MAHKAMAH SYARI’AH BALIKPAPAN.

Pada saat pertama kali didirikan Pengadilan Agama Balikpapan meliputi wilayah hukum sebanyak 4 (empat) Kecamatan, yaitu, Kecamatan Balikpapan Utara, Kecamatan Balikpapan Barat dan Kecamatan Balikpapan Timur serta Kecamatan Balikpapan Seberang. Akan tetapi sejak tahun 1990 yakni Kecamatan Balikpapan Utara, Kecamatan Balikpapan Barat dan Kecamatan Balikpapan Timur. Dan dengan adanya pemekeran wilayah di Kota Balikpapan, maka sejak tahun 1996, maka wilayahb yurisdiksi Pengadilan Agama Balikpapan menjadi 5 (lima) wilayah Kecamatan, yaitu Kecamatan Balikpapan Utara, Kecamatan Balikpapan Selatan, Kecamatan Balikpapan Timur, Kecamatan Balikpapan Barat serta Kecamatan Balikpapan Tengah.

SEJARAH PERKEMBANGAN PENGADILAN AGAMA BALIKPAPAN DARI PERIODE KE PERIODE

PERIODE KEPEMIMPINAN

	K.H. TARMIZI ABBAS, mulai Nopember 1958
	K.H. NADALSYAH, mulai Pebruari 1976 sampai dengan Januari 1997.
	Drs. H. IBRAHIM KARDI, S.H. mulai 2 Januari 1997 sampai dengan Oktober 1999.
	Drs. JALAL AROMI, S.H. mulai Oktober 1999 sampai dengan Oktober 2002
	Drs. H. HAMBERI HADI, S.H. mulai Oktober 2002 sampai dengan Oktober 2004 ;
	Drs. H. ARIDI, S.H. mulai Oktober 2004 sampai dengan Mei 2006 ;
	H. HELMINIZAMI, S.H. mulai Mei 2006 sampai dengan sekarang.

PERIODE PERKEMBANGAN KANTOR/GEDUNG

Mulai berdiri tahun 1958 sampai dengan tahun 1976, gedung/kantor Pengadilan Agama Balikpapan mengalami (3) tiga kali kepindahan, yakni perttama kali Kantor Pengadilan Agama Balikpapan menumpang di Kantor Pekerjaan Umum (PU) Kota Balikpapan, kemudian pindah ke Mesjid Raya At-Taqwa Balikpapan dan terakhir pindah berdampingan dengan Kantor Departemen Agama Kotamadya Balikpapan (samping Kantor Kecamatan Balikpapan Barat sekarang) sampai tahun 1976.

Pada tahun 1976 Pengadilan Agama Kota Balikpapan baru mempunyai Gedung sendiri dengan konstruksi satu lantai atas dasar tanah waqaf dari Pertamina Unit Pengolah V Balikpapan yang terletak di Jalan Inpres II, Muara Rapak, Kota Balikpapan.

Pada bulan Maret 1997 Gedung Pengadilan Agama Balikpapan pindah dari Jl. Inpres II Kota Balikpapan ke Jalan Kol. H. Syarifuddin Yoes Kota Balikpapan yang pertama kali berdiri di atas tanah ukuran 50 x 40 M2. (2.000 M2)dengan konstruksi bangunan lantai dua (bertingkat dua).

Sejak bulan September 2007 gedung Pengadilan Agama Balikpapan dibangun dengan sesuai prototipe Mahkamah Agung dengan konstruksi bangunan lantai tiga (bertingkat tiga) dengan tambahan luas tanah dari 2.000 M2 menjadi 4.000 M2.